Gendun Rinpoché est né en 1918 dans une haute vallée de la province de Nangchen, dans le Kham, au Tibet oriental. Son père était un sculpteur qui gravait des mantras sur le bois et la pierre. Pendant les mois d’été, la famille vivait sous une grande tente avec ses troupeaux de bétail. Le petit garçon aimait construire une cabane avec des branches et s’amusait à vivre comme un ermite. Très tôt, il possédait la capacité de penser profondément et se demandait quelle serait l’utilité des actions mondaines au moment de la mort. Il réfléchissait intensément à la souffrance des êtres dans les différents domaines et éprouvait une profonde compassion pour leur misère. Il craignait que ses parents ne subissent le même sort au moment de leur mort. Son père essaya de lui apprendre son métier, mais tous ses efforts furent vains.
Le garçon demanda à plusieurs reprises de pouvoir apprendre auprès d’un maître spirituel. C’est ainsi qu’à l’âge de sept ans, il reçut l’autorisation d’aller au monastère de Khyodrag, situé à proximité. Le petit moine ne se sentait vraiment satisfait que lorsqu’il pouvait s’exercer à la méditation. Il passait la plupart de son temps aux pieds des grands maîtres de son monastère. A l’âge de 17 ans, il reçut la pleine ordination et à 21 ans, il commença la traditionnelle retraite de groupe de trois ans et trois mois.
Gendun Rinpoché a ensuite pratiqué sept années supplémentaires dans un isolement strict, dans une cellule de moine. Finalement, son maître Tulku Tenzin lui rendit visite et lui dit qu’il ne devait plus rester dans la solitude, car il avait atteint la réalisation dans la pratique et était devenu un véritable “porteur de bénédiction”. Désormais, il devrait aller vers les gens et travailler pour leur bien-être, car sa réalisation était “irréfutable comme un rocher d’or”.
Après quelques hésitations, Rinpoché a mis fin à la retraite formelle et s’est lancé dans un pèlerinage d’un an dans des lieux saints de tout le Tibet. Il poursuivit ensuite sa pratique pendant une dizaine d’années dans des grottes isolées, bénies par de grands êtres réalisés dans le passé. C’est là qu’il a atteint la réalisation parfaite.
En 1959, alors que le Tibet était sous occupation militaire, une divinité protectrice apparut à Gendun Rinpoché et lui demanda de partir pour l’Inde. Croyant aux Trois Joyaux (Bouddha, Dharma et Sangha), lui et ses deux compagnons réussirent de manière étonnante à franchir les lignes des soldats chinois et à atteindre l’Inde. A peine arrivé, le 16ème Karmapa lui confia pour trois ans la direction d’un nouveau monastère au Bhoutan. Rinpoché mena ensuite pendant 12 ans une vie retirée à Kalimpong (Bengale du Nord) et reçut chaque année des transmissions du Gyalwa Karmapa.
A sa demande, il vint en France en 1975. Depuis cette époque, il s’est consacré sans relâche à la diffusion du dharma. Jusqu’en 1990, il a voyagé à plusieurs reprises dans presque tous les pays d’Europe occidentale. En 1984, il a fondé en Auvergne (France) un centre de retraite ainsi qu’un monastère et un couvent, où il a principalement enseigné jusqu’à sa mort en 1997. Il y a transmis la connaissance et l’expérience de la transmission tibétaine Karma Kagyu à des étudiants occidentaux lors de cycles de retraites méditatives traditionnelles de 3 ½ ans.